대법원 3부(주심 노정희 대법관)는 삼성전자가 동수원세무서장을 상대로 낸 법인세 원천징수처분 등 취소소송의 상고심에서 원고 승소로 판결한 원심을 확정했다고 20일 밝혔다.
삼성전자는 2011년 7월 안드로이드 기반 스마트폰과 태블릿 사업에 필요한 MS의 특허권을 사용하고, 그 대가로 MS 측에 사용료(로열티)를 지급하는 계약을 맺었다. 계약 대상 특허권에는 국외에서 등록된 특허도 포함됐다.
이후 삼성전자는 2012~2015년 동안 MS 측에 특허권 사용료를 지급했다. 이 과정에서 한미조세협약에 따라 전체 금액의 15%를 원천징수해 동수원세무서에 법인세로 납부했다. 삼성전자가 2013년 사업연도 당시 MS에 지급한 특허권 사용료는 약 1조 2815억원이며, 이를 기준으로 납부한 법인세 원천징수세액은 약 1818억원이었다.
그런데 세무당국은 2016년 법인세 통합조사 과정에서 삼성전자가 2013년 사업연도 때 MS로부터 받아야 할 690억원을 특허권 사용료에서 미리 상계하고, 나머지 금액만 MS 측에 준 사실을 확인했다. 세무당국은 결과적으로 특허권 사용료에서 연동되는 법인세도 과소 납부했다고 보고, 삼성전자에게서 113억원을 추가 징수했다.
삼성전자는 이같은 처분에 불복하며 소송을 냈다. 쟁점은 국내에 등록되지 않은 MS 특허권의 사용료를 국내원천소득으로 과세할 수 있는지 여부였다. 문제가 된 2013년 기준 MS의 전체 특허 건수 4만 1600여개 가운데 국내 등록된 특허는 1200여개로 2.9%에 불과했다.
삼성전자 측은 MS에 지급한 사용료 중에는 국내에 등록되지 않은 특허권도 있다며, 이는 국내원천소득에 해당하지 않아 세금을 낼 의무가 없다고 주장했다. 반면 세무당국은 국내에 등록되지 않은 특허권 사용료라도 해당 특허권을 국내 제조·판매에 사용한 대가라면 국내원천소득으로 봐야 한다고 맞섰다.
1심과 2심은 삼성전자의 손을 들어줬다. 재판부는 "외국 법인의 국내원천소득에 관해서는 소득세법이나 법인세법보다 조세조약이 우선 적용된다"며 "MS 특허권 사용에 따른 대가를 국내원천소득으로 볼 건지 여부는 한미조세협약에 따라야 한다"고 이유를 설명했다.
한미조세협약은 '특허권 속지주의' 원칙을 적용해 특허권이 등록된 국가에서만 효력이 미치도록 규정하고 있다. 대법원도 이같은 한미조세협약상 과세 표준을 근거로 1·2심 판단을 유지하며 원심을 확정했다. 대법원이 삼성전자의 승소를 확정하면서 세무당국도 추가로 징수한 법인세 113억원을 돌려주게 됐다.