검찰은 참여정부 청와대 기록물관리 시스템인 이지원(e-知園)에서 삭제된 대화록 초안을 대통령 기록물로 잠정결론 내린만큼 대화록 초안 삭제 행위를 대통령기록물관리법 위반으로 보고 있다.
검찰은 다만 조 전 비서관 등의 지시로 초안 삭제에 관여한 실무자들은 대화록 초안의 성격을 모른채 상부의 지시로 삭제를 했다고 보고 기소유예 처분할 방침인 것으로 알려졌다.
검찰은 조 전 비서관 등 핵심 관련자들에 대한 사법 처리 수위를 놓고 고심하고 있다.
앞서 검찰은 원세훈 전 국가정보원장의 지시로 인터넷 댓글을 이용한 대선 개입 활동을 벌인 국정원 직원들 역시 비슷한 이유로 기소유예 처분한 바 있다.
검찰 등에 따르면 사건을 수사중인 서울중앙지검 공안2부(김광수 부장검사)는 지난달 5일 조 전 비서관을 소환조사했고 최근 조 전 비서관을 더 불러 마지막 조사를 벌였다.
검찰조사에서 조 전 비서관은 노무현 전 대통령의 지시를 받고 자신이 청와대 정보통신관리 부서에 대화록 초안을 삭제할 것을 지시했고, 해당 부서의 기술직 공무원이 대화록 초안을 삭제하게 됐다고 진술한 것으로 알려졌다.
이후 검찰 소환조사에서 해당 공무원은 '이지원에서 문서가 삭제됐다면 내가 했을 것으로 추정되지만 그 시기 내가 대화록 초안을 삭제했는지는 정확하게 생각나지 않는다'고 진술한 것으로 전해졌다.
검찰은 조 전 비서관 외에 참여정부에서 연설기획비서관을 지낸 김경수 봉화마을 사무국장 등 참여정부 인사들도 조사했지만 대부분의 참여정부 인사들은 대화록 초안 삭제 경위를 알지 못했던 것으로 보고 있다.
이런 이유로 참여정부에서 대통령 비서실장을 지낸 문재인 의원에 대한 검찰 조사는 이뤄지지 않을 것으로 전망된다.
검찰은 신임 검찰총장 취임 전에는 남북정상회담 대화록 폐기 의혹 사건 수사를 마무리 짓고 수사결과를 11월 중순쯤 발표할 것으로 전망된다.
국회 법제사법위원회에 따르면 김진태 검찰총장 후보자의 인사청문회 날짜가 13일로 잠정 합의됐고, 법사위 공식 의결을 거쳐 확정될 예정이다.