파주 운정지구 불법 택지불하 사건의 주임검사였던 국민의힘 윤석열 대선후보가 당시 삼부토건을 상대로 봐주기 수사를 한 게 아니냐는 의혹이 제기됐다.
파주지역 시행업체인 SM종합건설의 장모 대표가 지난 2002년 말 삼부토건과 사업 협약을 맺고 운정지구에서 아파트 사업을 벌이는 과정에서 삼부토건이 토지매입 등 초기사업비를 제공하고 아파트 시공을 맡았지만, 일부 토지주인 등을 중심으로 매매 계약서가 허위로 작성됐다는 의혹과 민원이 제기되면서 수사선상에 올랐지만 삼부토건만 수사 대상에서 빠졌다는 것이다.
또 장모 대표가 삼부토건의 전체 토지 매입 대금 대출이 토지 수의계약을 할 수 있는 기준 시점보다 늦게 이뤄졌지만, 2007년 파주 운정지구 두개 블록에서 분양사업을 공동시행해서 1천억대 이상 수익을 냈다는 의혹도 제기됐다.