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메인서버에는 국정원 직원들이 생산하는 모든 문서와 책임자들의 각종 지시사항 등이 모두 보관돼 있어 국정원의 조직적인 선거 개입을 알수 있는 중요한 열쇠였다.

사정당국 관계자는 "분명 압수수색 영장에 나온 대상인데도 이를 무시하고 '여기만 하고 다른데는 하지 마라'는 식으로 수사에 협조하지 않았다"고 말했다.

또 지난 17일 '트위터 글' 사건 수사와 관련해 국정원 직원 3명을 체포해 조사하는 과정에서도 국정원이 노골적으로 개입한 정황이 속속 나오고 있다.

함께 입회한 변호사들은 국정원 내부와 수시로 통화하면서 수사내용을 실시간으로 전달하며 지침을 받아 직원들에게 지시하는 방식으로 수사를 어렵게 한 것으로 알려졌다.

이 관계자는 "국정원으로 계속 보고가 됐고 지침이 내려왔다"며 "특정 질문에 대해 '뭐라고 얘기해라'라거나 '얘기하지 말라'며 수사를 방해했다"고 말했다.

이와 관련해 특별수사팀장이었던 윤석열 여주지청장은 21일 국정감사에 나와 "체포한 국정원 직원 조사에 입회한 변호사들이 '진술하지 마라. 진술하면 (국정원에 의해) 고발될 수 있다'는 남재준 원장 지시를 반복 주입했다"고 말했다.

수사과정에서의 이런 행위는 윤 지청장의 말처럼 남 원장의 지시에 따라 이뤄진 것으로 전해졌다.

특별수사팀이 체포에 앞서 국정원 직원들을 소환할 때도 이들은 "남재준 원장이 '나가지 말라'고 지시했다"며 불응한 이유를 밝혔다고 한다.

국정원이 이렇게 드러내놓고 수사를 방해한 것은 청와대가 남 원장을 비호하고 있기 때문에 가능한 것이라는 분석이 나오고 있다.

민주사회를위한변호사모임의 박주민 변호사는 "박근혜 정부는 국정원 사건에 대해 과거 정부의 일이라고 하지만, 이번 정부에서 임명된 남 원장은 진실을 감추려는 데 급급한 모습"이라며 "이는 결국 현 정권이 국정원의 수사 방해 행위에 동조하기 때문"이라고 말했다.