법무부 징계위 결정에 대해서는 강력하게 맞서겠다는 의지를 밝혔다. 윤 총장은 16일 새벽 4시 징계위로부터 정직 2개월의 징계 처분이 내려진 지 4시간 만에 공식 입장문을 통해 반격에 나섰다.
윤 총장은 "임기제 검찰총장을 내쫒기 위해 위법한 절차와 실체없는 사유를 내세운 '불법 부당'한 조치"라고 징계위 결정을 규정했다. 추미애 법무부 장관이 제기한 의혹들이 실체가 없으며 정치적 필요성에 따른 '불법 부당'한 조치임을 부각시킨 것이다. 앞으로 이어질 소송전을 대비한 포석이라는 해석도 나오고 있다.
이어 "검찰의 정치적 중립성, 독립성과 법치주의가 심각하게 훼손되었습니다'라고 지적했다. 이번 징계의 후폭풍이 개인 윤석열 뿐만 아니라 검찰 조직 자체에 심각한 타격을 줄 것이라고 내다본 것이다. 그러면서 "헌법과 법률에 정해진 절차에 따라 잘못을 바로 잡을 것"이라며 정부와 법정 싸움을 예고 했다.
징계가 확정된 이날 윤 총장을 태운 승용차는 평소와 마찬가지인 오전 9시쯤 대검 지하 주차장에 도착했다. 윤 총장은 지난 1일 법원의 직무배제 집행정지 결정으로 직무에 복귀했던 때 1층 현관으로 출근한 사례 등을 제외하고는 대부분 지하주차장을 통해 출퇴근을 했다.
출근한 뒤 첫 업무로 코로나19 확산세에 대응해 전국 검찰청에 구체적인 지시를 내렸다. 대검찰청은 총장이 이날 "사회적 거리두기 강화로 서민 경제에 어려움이 가중됨에 따라 각급 검찰청에 2가지 특별지시 사항을 전파했다"고 밝혔다.
윤 총장은 생업에 어려움을 겪는 영세 자영업자와 소상공인을 위해 기소유예를 적극적으로 활용하고 소환조사도 자제하라고 주문했다. 벌과금은 분납할 수 있도록 배려하고 벌금형 집행유예 등 형사법 집행의 수위도 최소화하도록 당부했다. 코로나19 확산세가 진정될 때까지 사건관계인 대면조사, 형미집행자 검거 등 대민 접촉 업무도 최소화하라고 지시했다.
대검찰청은 징계위가 결의한 정직 2개월 처분이 대통령 제가를 받아 확정될 때까지 검찰총장은 평소대로 업무를 수행할 예정이라고 밝혔다.