서울중앙지검 국정원수사팀(팀장 박찬호 2차장)은 이날 김 전 장관을 군형법상 정치관여와 직권남용권리행사 방해 등 혐의로 기소했다고 밝혔다. 검찰에 따르면 김 전 장관은 2011년 11월부터 2013년 6월까지 군사이버사 사령관 및 부대원들과 공모해 온라인 상에서 정부여당을 지지하고 야당과 야권 정치인을 비난하는 등 정치적 의견이 포함된 댓글을 무려 9천건 가량 개시한 혐의를 받는다.
또 2012년 6월에는 군사이버사 군무원 신규채용 과정에서 임용 예정자에 대한 신원조회를 지침보다 높여 실시한 혐의도 받는다. 정치성향을 검증해 정부여당을 지지하는 인력을 뽑으려는 게 목표였다는 게 수사 결과다. 김 전 장관은 이를 위해 정치성향을 검증하고 특정지역 출신을 배제할 것을 지시하기도 했다.
김 전 장관은 2013년 12월부터 다음 해 4월까지 군사이버사 정치관여 사건을 수사 중인 국방부조사본부장에게 핵심 관련자료를 불구속 송치하도록 지시한 혐의도 받는다. 또 대선개입 지시가 있었다는 진술을 한 부대원이 이를 번복하도록 지시하는 등 사건을 은폐조작한 혐의도 받는다.
검찰은 지난해 11월11일 김 전 장관을 정치관여 등 혐의로 구속했다. 그러나 11일 뒤 서울중앙지법 형사합의51부(신광렬 수석부장판사)는 구속적부심을 거쳐 그를 석방했다. 검찰이 이달 초 다시 수사축소 혐의로 김 전 장관의 구속영장을 재청구했지만, 이 역시 법원이 기각해버렸다.
함께 기소된 임관빈 전 국방부 국방정책실장은 댓글 공작에 공모(정치관여)했을 뿐 아니라, 2011년 7월부터 2013년 10월까지 자기 휘하의 군사이버사의 사령관들로부터 2800만원 상당의 금품을 수수한 혐의(뇌물수수)도 받는다.
역시 댓글 공작에 관여한 혐의로 기소된 김태효 전 청와대 대외전략기획관은 2012년 7월 청와대 기획관을 사임하면서 정부 주요 기록을 지난해 11월까지 개인 사무실에 보관한 혐의(대통령기록물관리에관한법률위반, 군사기밀보호법위반)도 받는다. 국정원 생산 대통령기록물 문건 3개와 합동참모본부 생산 군사 2급 비밀 문건 1건이다.
임 전 실장도 김 전 장관과 함께 지난해 11월 구속적부심을 거쳐 풀려났고, 김 전 기획관 역시 지난해 12월 구속영장 청구가 기각돼 불구속 수사를 받아왔다. 군 정치공작 관련자 신병 확보가 줄줄이 실패함에 따라, 이명박 전 대통령 등 상층부에 대한 검찰 수사에 한계가 불가피했던 것으로 평가된다.