이 전 대통령은 자신의 회고록 '대통령의 시간'에서 감사원이 2013년 3월 4대강의 수심이 6m나 된다며 이는 4대강 살리기 사업이 대운하를 만들기 위한 의도라고 주장했다고 밝혔다.
이 전 대통령은 이에대해 미국 위스콘신 대학의 박재광 교수가 칼럼을 통해 수심 6m 이상 구간은 전 구간의 26%에 불과하고 주로 홍수피해가 심했던 낙동강 중하류 구간이라며 감사원의 행태를 비판했다고 적었다.
이명박 전 대통령은 "박 교수가 지적한 내용 이외에도 4대강 살리기 사업의 입찰 시공 과정에서 부정이나 불법행위가 있는지를 파악해야 할 감사원이, '대운하 위장설' 같은 것을 발표하는 행위는 도무지 납득이 가지 않았다"고 밝혔다.
이 전 대통령은 또 "4대강 살리기 사업은 수많은 하천 관련 전문가들이 공을 들여 기획한 것"이라면서 "감사원의 비전문가들이 단기간에 판단해 결론을 내릴 수준의 문제가 아닌 것"이라고 지적했다.
역사상 가장 큰 국책 사업이었던 경부고속도로나 포항종합제철, 경부고속철도, 인천국제공항 등 대형 국책 사업들은 시행 당시 하나같이 수많은 반대와 갈등에 직면했지만 결국 이 사업들은 후일 성공적인 사업으로 평가를 받았다고 이 전 대통령은 기술했다.
이 전 대통령은 "대형 국책 사업들은 장기적인 관점에서 국가발전 계획을 염두에 두고 구상된다. 규모 자체가 크다 보니 수많은 사람들의 이해관계가 걸리고 경제적 파급효과도 광범위하다"면서 "관점과 이해관계를 달리하는 사람들이 반대할 수 있다"고 말했다.
이명박 전 대통령은 "이것이 합리적 논의를 넘어 정치 공세로 이어지게 되면 문제가 복잡해진다. 그 성과가 장기적으로 나타난다는 점에서 정치 공세에 대응하는 것도 쉽지 않다"면서 "4대강 살리기 사업도 그 전형적인 예였다. 만일 장기적 관점에서의 국리민복이 아닌 당장의 정치적 손익만 고려했다면 그 많은 반대를 무릅쓰고 이 사업을 해낼 수 없었을 것"이라고 설명했다.