윤 지청장은 국정원 수사가 시간을 갖고 해도 불가능한 사건이 아니라는 조영곤 서울중앙지검장의 견해에 대해서는 "수사하기 어렵다고 하는 것은 저희처럼 국정원 수사를 계속 해온 사람으로서는 공통적으로 느끼는 것"이라고 설명했다.
윤 지청장은 국정원 직원 체포와 관련, 조영곤 검사장과 법무부 보고여부에 대해 협의를 했으며 "채동욱 총장이 퇴임한 뒤에는 총장이 안 계시니 대검에 보고하면 대부분 법무부로 자동으로 넘어가고 장관 재가 받아서 일을 처리하는 방식으로 문화가 바뀌었다"고 증언했다.
조영곤 검사장은 그러나 "(사건의) 파급효가 크고 정무적으로 감내하기 어렵다"면서 반대의사를 표시했다.
이에따라 윤 지청장은 "검사장님의 방침대로 사건을 끌고가면 효과적인 수사가 불가능하다고 판단해 지휘 감독도 중요한 규정이지만 그보다 더 큰 규범이 실체파악이라는 점에서 신속한 수사를 선택했다"고 주장했다.
윤 지청장은 "어떤 불이익이라도 제가 감수하고 이 수사는 어떤 식으로든 일정 단계까지는 가게 만들어야 겠다"고 판단했으며 "그렇게 사건이 잘 마무리된다면 저는 어떤 불이익이라고 감수할 생각이었다"고 말했다.
조영곤 서울중앙지검장은 이에대해 "검찰총장 유고 이후 곧바로 법무부로 결재·보고가 자동으로 간다는 것은 사실과 다르다"며 "수사가 급박한 수사라고 생각을 자꾸 하는데 그렇지 않다"고 반박했다.