사건을 수사 중인 서울중앙지검 공안2부(김광수 부장검사)는 2007년 남북정상회담 대화록 실종과 관련해 '대화록의 은닉과 폐기, 삭제, 절취 등의 행위에 가담한 피고발인들을 처벌해 달라'는 고발장을 제출한 새누리당 관계자를 고발인 신분으로 불러 조사했다.
앞서 검찰은 올해 초 새누리당 정문헌 의원 등이 제기한 고(故) 노무현 전 대통령의 서해북방한계선(NLL) 포기 발언 의혹과 관련한 수사기록도 가져와 다시 검토했다.
조명균 전 안보정책비서관의 진술조서 등 수사 기록 일부는 정상회담 대화록 발췌본의 작성 경위와 내용을 담고 있어 2급 기밀로 지정해 서울중앙지검에서 보관해왔지만 검찰은 정상회담 회의록 폐기 고발 사건 수사를 위한 참고자료로 활용하기 위해 기밀을 해제했다.
이와 함께 검찰은 2008년 노무현 전 대통령이 퇴임한 뒤 벌어진 '국가기록물 유출' 고발 사건 수사 기록 역시 가져와 수사에 참고할 예정이다.
같은 해 7월 이명박 정부는 노무현 정부의 청와대 기록물이 김해 봉하마을로 건너갔다며 자료 유출 의혹을 제기했고 이에 국가기록원이 노 전 대통령의 비서진을 대통령기록물 관리법 위반 혐의로, 한 시민 단체가 노 대통령을 고발하면서 서울중앙지검 첨단범죄수사부가 이를 배당받아 수사를 진행했다.
당시 정상문 전 청와대 비서관과 이호철 전 민정수석 등이 검찰에 소환돼 조사를 받았지만 같은 해 말 '박연차 게이트'와 관련해 노건평씨 수사가 시작돼 노 전 대통령에 대한 조사는 미뤄졌고 이듬해 5월 노 전 대통령이 서거하면서 공소권 없음으로 종결된 바 있다.