조세지출 운영 목표 및 방향. 재정경제부 제공정부가 2026년 조세지출 운영 방향을 '선택과 집중' 기조로 전면 재편한다. 성장과 민생 등 정책적으로 필요한 분야에 대한 지원은 강화하고, 그 외 조세지출은 원점에서 재검토해 과감히 정비하겠다는 방침이다.
정부는 31일 국무회의에서 이 같은 내용이 담긴 '2026년 조세지출 기본계획'을 의결했다. 조세지출은 세액공제나 비과세 등 세금을 줄여주는 방식의 간접적 재정지원으로, 사실상 '보이지 않는 지출'로 불린다. 조세지출 기본계획은 각 부처가 신규 조세특례를 도입하거나 기존 제도를 연장·평가할 때 따르는 지침으로, 향후 세법 개정의 기본 틀로 작용한다.
재정경제부에 따르면 2025년 국세 감면액은 76조 5천억 원으로 전년 대비 6조 원(8.4%) 증가할 전망이다. 다만 같은 기간 국세 수입은 35조 1천억 원(9.6%) 늘어나 감면율은 0.1%p 소폭 하락할 것으로 예상된다.
전체 감면액 중 약 17조 6천억 원은 조세지출 성격이 아닌 구조적 지출로, 이를 제외한 실질 국세 감면액은 58조 9천억 원이며 감면율은 14.7% 수준이다.
조세지출 성과평가 결과도 구조조정 필요성을 보여준다. 정부는 예비타당성평가, 심층평가, 부처 자율평가를 통해 사전·사후 관리를 하고 있으며, 최근 평가에서는 '무탄소에너지(재생e) 구매비용 세액공제' 1건이 타당성 부족으로 도입되지 못했다.
심층평가 대상 27건 가운데 의무심층평가 23건은 재설계 7건, 일몰 종료 1건, 유지 15건으로 결정됐다. 효율성 제고 등을 위해 평가가 필요한 임의심층평가는 4건으로, 재설계 1건, 유지 3건으로 나타났다. 또한 일몰 도래 제도 72건 가운데 실효성이 낮거나 정책 목표를 달성한 16건이 정비돼 세법 개정안에 반영됐다.
2026년 조세지출은 △효율적 운용 △획기적 정비 △관리제도 개선 등 세 가지 축을 중심으로 운영될 방침이다.
효율적인 조세지출 운영과 관련해 연구개발과 투자, 국가전략·신성장 원천기술 지원을 강화한다. 또 국내 생산 기반 확충을 위해 국내생산촉진세제를 도입해 공급망 안정과 경제안보를 뒷받침한다. 국민성장펀드와 생산적 금융 ISA를 통해 첨단산업과 국내 주식 장기투자로 자금이 유입되도록 유도하고, 화석연료 세제 합리화와 RE100 산단 입주기업 지원 등 기후위기 대응과 녹색 전환 지원도 병행한다.
지역별 차등 지원으로 지방 주도 성장을 유도하고, 근로장려세제(EITC) 개선을 통해 저소득층과 서민, 중산층 지원도 강화한다. 청년층을 대상으로 한 '청년미래적금' 이자 비과세 등 생활·자산 형성을 돕는 세제 혜택도 확대할 계획이다.
또한 중소기업과 벤처 창업·투자 지원도 강화된다. 외환·금융시장 변동성 완화와 함께 인구감소지역 주택 수요 확대, 지방 미분양 해소 등 부동산 시장 안정화를 위한 지원도 추진된다.
정부는 불필요한 조세지출을 과감히 정비해 전면적인 손질에 나선다. 모든 조세지출 제도를 원점에서 재검토하고, 정책 목적이 달성됐거나 환경 변화로 필요성이 낮아진 제도는 폐지할 방침이다. 유지가 필요한 경우에는 재설계하거나 재정지출로 전환해 효율성을 높인다. 특히 소득재분배 효과가 큰 분야는 직접 재정지출 방식으로 전환해 정책 효과를 극대화할 계획이다.
조세지출 관리 체계도 강화된다. 일몰제도의 경우 한 차례 연장된 제도는 재도래 시 원칙적으로 폐지하고, 필요할 경우 재설계를 의무화한다. 일몰기한이 없는 제도도 5년 주기 심층평가를 통해 지속적으로 점검한다. 국세 감면 총량 관리를 통해 신규 감면뿐 아니라 기존 감면 연장에도 세수 보완 대책 제출을 의무화하고, 부처별 세수 감소와 재정 확충을 통합 관리할 예정이다.
또한 첨단기술 지원 대상에 대한 총량 관리와 전년도 조세지출 실적 및 분석을 포함한 조세지출결산서 제출(8월 말)을 통해 국회의 통제와 관리도 강화된다. 예비타당성평가와 심층평가 결과는 세법 개정에 원칙적으로 반영해 조세지출 효율성과 재정 건전성을 동시에 확보할 방침이다.
재경부는 이달 말까지 조세지출 기본계획을 각 부처에 통보하고, 내달 말까지 각 부처의 조세지출 평가서와 건의서를 제출받아 부처 협의 등을 거쳐 '2026년 세법 개정안'에 반영할 예정이다.