지난 2009년 이후 국세청이 걷은 종합부동산세 가운데 일부가 이중과세에 해당한다는 대법원 판결의 파장이 커지고 있다.
대법원 1부(주심 고영한 대법관)는 KT와 한국전력, 신세계, 국민은행 등 25개 기업이 각 관할 세무서장을 상대로 낸 종합부동산세 부과처분 취소청구 소송에서 원고 패소로 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다고 12일 밝혔다.
대법원은 종부세법 기본취지가 이중과세를 피하기 위해 세액 계산시 재산세를 공제하도록 한 것이라며, 국세청이 마련한 시행규칙에 따른 세액산정이 적법하다고 본 원심은 법리를 오해한 위법이 있다고 판단했다.
즉 현행 종부세법은 이중으로 세금을 부과하는 것을 피하기 위해 종부세 가운데 재산세를 공제하도록 돼 있는데 시행규칙상 계산방법대로 세액을 산정하면 재산세 가운데 일부가 공제되지 않아 그만큼 세액을 초과 징수하게 된다는 것.
하지만 국세청은 2009년 법 개정을 통해 명백히 적용 방법을 변경했고 법대로 공제하고 과세한 것이라며 법원 판단을 납득할 수 없다는 입장이다.
국세청은 보도자료를 통해 "이번 판결은 재산세가 과다하게 공제되는 결과를 초래하고, 개정법령의 입법취지와 문언에도 일치하지 않으므로 향후 파기환송심에서 관련부처와 협의해 이러한 부분에 대해 적극 설명하고 대응할 예정"이라고 밝혔다.
앞서 1심은 이중과세라는 기업 측의 주장을 받아들였지만 항소심은 이중과세의 위험이 없다며 판결을 뒤집었다. 그러나 대법원은 1심과 마찬가지로 이중과세라고 판단했다.
이번 소송의 쟁점은 종부세 대상이 되는 재산세액을 어떻게 계산하느냐에서 차이가 난다.
예를 들어 공시가격이 10억원인 주택은 과세기준금액(6억원)을 초과한 4억원에 대해 종부세를 부과한다. 이때 2009년 개정된 법은 대통령령에 따라 4억원이 아닌 공정시장가액비율(세금 부과 기준이 되는 과세표준을 정할 때 적용되는 공시가격 비율, 80%)을 적용해 3억2000만원이 종부세 과세표준이 된다.
10억원일 때 종부세율 0.5% 규정에 따라 종합부동산세액은 160만원(3억2000만원×0.5%)이 된다. 여기서 재산세액 공제를 위해 주택에 대한 재산세액을 산정하는 부분에서 차이가 발생한다.
법원의 판단은 과세기준금액(6억원)을 초과한 4억원을 기준으로 해서 재산세 공정시장가액비율(60%)과 재산세율(0.4%)을 적용해 재산세액은 96만원이 된다. 하지만 국세청은 3억2000만원인 종부세 과세표준을 기준으로 적용해 76만8000원으로 산정했다.
이에 따라 재산세액을 공제한 종부세 최종 산출액은 국세청이 83만2000원(160만-76만8000원)인 반면 법원은 64만원(160만-96만원)으로 국세청보다 낮아진다.
재판부는 "관련법은 종합부동산세 대상 부동산의 과세 표준 금액에 대해 해당 부동산에 부과된 재산세를 공제하도록 규정하고 있다"며 "과세 당국이 2009년 원고 측에 종합부동산세를 부과하면서 이용한 계산식을 보면, 재산세가 중복돼 부과되는 부분이 있다"고 판단했다.
즉 종부세 과세 대상에 부과된 재산세액 중 종부세에 적용되는 공정시장가액비율이 적용된 만큼만 공제되고 나머지 부분은 공제되지 않는다는 의미다.
그러나 국세청은 "개정된 법에 따라 산정한 것"이라며 "대법원 판결에 따르면 공정시장가액비율(80%) 외 실제로 종부세가 부과되지 않는 영역(20%)에 대한 재산세 상당액도 과다하게 공제하게 된다"고 반박했다.
◇ "대법원 판결, 종잡을 수가 없다"이번 판결에 대해 정부 관계자는 "최근의 조세 관련 법원 판결을 보면 어떨 때는 법 해석이 조밀하다가 다른 때는 마치 입법자처럼 해석한다"며 "종잡을 수가 없다"고 지적했다.
조세 전문 한 변호사는 "2심 이후 대법원 판결이 3년 7개월 걸린 것으로 봐서 대법원으로서도 고민이 깊었을 것"이라며 "중복되는 재산세 과세 부분을 공제하려면 다 해줘야 하는게 맞다는 상식적인 판단"이라고 말했다.
이번 판결로 이와 관련된 환급 소송이 줄을 이을 것으로 보인다.
국세청이 이런 계산 방식으로 2009년 이후 현재까지 기업과 일반 부동산 보유자에게서 더 거둬들인 세금은 수천억원에 달하는 것으로 추정된다.
그러나 개인이나 법인 모두가 소송을 통해 세금을 돌려받을 수 있는 것은 아니다.
종부세 납부방법은 직접 신고해서 납부하는 방식과 납세고지서대로 내는 부과고지 방식으로 나뉘는데, 부과고지로 납부한 경우 고지서를 받은 뒤 90일 이내에 이의제기를 해야 환급을 요구할 수 있다. 신고방식으로 납부한 경우, 국세기본법 등에 따라 납부한 지 3년이 지나지 않았다면 경정청구나 소송을 낼 수 있다.
그러나 경정청구에 따른 환급은 관련 소송의 대법원 확정판결이 나와야 이뤄지기 때문에 당장은 별다른 혼란이 없을 것이라는 관측도 있다.