지난 2008년 17대 대통령직 인수위원회가 금융당국의 조직개편 등 정부조직개편을 단행한 것은 '월권행위'라는 비판이 제기됐다.
8일 열린 '2012 한국금융학회 정기학술대회 및 특별 정책심포지엄'에서 고동원 성균관대 교수는 주제발표를 통해 "관련 백서에도 나와있듯이 대통령직 인수위원회 근거법의 7조를 보면 인수위원회 업무 내지 권한에 대해선 '정부조직 파악'이라고만 규정하고 있다" 면서 "17대 대통령직 인수위원회가 정부조직을 개편한 것은 월권행위"라고 비판했다.
고 교수는 또 "보다 중립적인 입장에서 할 수 있는 국회에서 정부조직개편을 주도하는 것이 바람직하다"면서 "17대 대통령직 인수위원회 백서를 보면 박재완 현 기획재정부 장관 등이 당시 정부조직을 불과 3주 만에 개편했는데 말이 안 된다"고 꼬집었다.
이어 "차기 대통령직 인수위원회도 정부조직개편을 건드려서는 안 된다"고 덧붙였다.