선교청대는 2011~2012년 교육과학기술부 종합감사에서 시간제등록생 제도를 불법으로 운영하는 등 30여건의 위법·부당 사항이 적발되어 시정명령을 받은 바 있다.
선교청대는 그러나 3차에 걸친 교육과학기술부의 감사처분 시정요구를 이행하지 않는 등 학교 운영 정상화 노력을 기울이지 않았고 교육부의 현지 조사도 실질적으로 거부했다.
교육부는 8월 초순에 학교 폐쇄와 학교법인 해산을 하기 위한 청문 절차를 거쳐 특별한 사정변경이 없는 한 8월 중순에 학교폐쇄 명령과 학교법인 해산 명령을 내릴 계획이다.
지금까지 학교폐쇄 명령을 받은 학교는 아시아신학대학교와 명신대학교, 성화대학 등 세 곳이며 자진 폐교를 결정한 학교는 수도권 침례신학교와 건동대학교 등 두 곳이다.