그럼에도 문제를 지적 받은 검사들이 '실체적 진실 발견'을 위해 불가피하고 정당한 과정이었다고 항변하는 가운데, 수사와 재판을 거쳐 확정된 사실관계와 죄의 유무는 신뢰를 받지 못하고 흔들리고 있다.
이번 국정조사가 타깃으로 삼은 사건은 이재명 대통령을 정점으로 하는 쌍방울 대북송금 사건과 대장동 사건이다. 이들 사건 수사 과정에서는 수백 회에 달하는 반복 소환 조사가 꾸준히 문제로 지적됐다.
김성태 전 쌍방울 회장은 약 1년 동안 184차례 검찰에 출정했고, 방용철 전 쌍방울 부회장도 100회 넘게 조사를 받았다. 이화영 전 경기도 평화부지사 역시 200회 이상 불려갔다. 문제는 이 가운데 상당수가 정식 수사기록으로 남지 않았다는 점이다. 복잡한 사건의 경우 반복 조사가 이뤄질 수 있다는 점을 감안하더라도, 조사기록으로 남지 않는 접촉이 상당 부분 포함됐다면 그 필요성과 성격은 별도로 설명될 필요가 있다.
조사 환경 역시 쟁점으로 떠올랐다. 국정조사에서는 김 전 회장 조사 당시 쌍방울 직원들이 검사실을 드나들며 음료를 제공하고 각종 지시를 수행했다는 교도관 진술이 공개됐다. 이들은 수원지검에 사실상 상주하며 커피와 물을 가져다주고 지시사항을 처리하는 등 수행비서 역할을 했던 것으로 전해졌다. 수사기관이 피의자를 조사하는 공간에 제3자가 상시적으로 출입한 정황은 수사의 공정성을 해칠 수 있다는 비판이 제기된다.
대장동 사건 수사 과정에서도 유사한 문제 제기가 이어졌다. 남욱 변호사 조사 당시 검찰이 가족사진을 제시한 사실이 알려지면서 논란이 됐다. 검찰은 "심리적 안정을 위한 인도적 조치"라고 설명했지만, 수사와 직접 관련 없는 자료를 제시하는 행위가 피의자의 심리에 영향을 미칠 수 있다는 점에서 적절성 논쟁이 불거졌다.
대검찰청 검찰정책자문위원인 법무법인 이공 양홍석 변호사는 "형식적으로 소환 절차를 거쳤더라도 필요성과 상당성이 인정되지 않으면 불법이라고 볼 수 밖에 없다"며 "수백 차례 반복 소환하면서도 그에 상응하는 조서가 남지 않는다면 그 자체로 수사의 필요성이 의심될 수 있다"고 지적했다.
다만 이러한 수사 방식에 대한 비판과 쌍방울 대북송금 사건이나 대장동 사건의 '조작기소' 여부는 구분해서 볼 필요가 있다는 시각도 존재한다. 수사 과정에 일부 논란이 있었다고 해서 곧바로 공소사실 전체의 신빙성이 부정되는 것은 아니라는 점에서다. 특히 검찰 일각에선 제1야당 대표가 연루된 데다 성폭력 범죄처럼 물증보다는 진술에 기대 공소사실을 구성해야 하는 뇌물 관련 수사의 경우 다른 사안보다 강도 높은 수사가 이뤄질 수 밖에 없다고 항변하기도 한다.
실제 사법부는 절차적 논란과 범죄 입증 여부를 일정 부분 분리해 판단하는 경향을 보여왔다. 쌍방울 대북송금 사건에서 대법원은 이화영 전 부지사에게 징역 7년 8개월을 확정했고, 방용철 전 부회장에게도 유죄를 인정했다.
대장동 사건 역시 1심에서 민간업자들에게 징역 4년에서 8년에 이르는 중형이 선고되며 핵심 사실관계가 상당 부분 인정됐다. 절차적 논란이 제기된 진술 등 증거를 제외한 나머지 증거들로도 유죄가 인정된다는 판단이었다. 재판부는 "4년간 재판이 이뤄지고 충분히 공방이 이뤄진 상태에서 중형이 선고된 상황이기 때문에 피고인들에 대해 도망의 염려가 인정된다"면서 이들을 모두 법정구속했다.