종교계에서도 독립기념관장 임명을 철회하라는 목소리가 나왔다. 대전기독교교회협의회, 대전기독교윤리실천운동, 대전목회자정의평화협의회, 성서대전, 대전YMCA로 구성된 대전기독교운동단체회의는 논평을 통해 김형석 독립기념관장 임명을 '역사 쿠데타'로 규정하고 임명 철회를 촉구했다.
대전기독교운동단체회의는 "해당 기관의 설립 취지와 정반대의 가치관을 지닌 자를 책임자로 임명해 고유 업무를 왜곡, 무력화하는 방식의 인사원칙은 단순히 한 사람을 또 하나의 기관장에 임명하는 인사 문제가 아닌 대한민국의 역사를 부정하는 역사 쿠데타"라고 비판했다.
단체는 '정의를 뿌리고 사랑의 열매를 거두어라. 지금은 너희가 주를 찾을 때이다. 묵은 땅을 갈아엎어라. 나 주가 너희에게 가서 정의를 비처럼 내려주겠다(호세아 10:12)'는 성경 구절을 인용하며, "역사 정의를 왜곡하고 뒤엎으려는 윤석열 정부를 향한 경고"라고 밝혔다.
이어 "윤석열 대통령은 하나님의 경고를 겸손히 받아들여 김형석 독립기념관장 임명을 철회하고, 김 관장 또한 독립기념관장에서 즉각 사퇴하라"고 강조했다.