이상오 목사(창원선교교회)는 "기도회를 주도한 7개 교회 목회자와 배후, 장신대 김운용 총장 등을 조사해야 한다"며 조사위원회를 꾸려달라고 주장했다. 총회에 와서 주장하면 되는데, 외부에서 기도회를 진행했다는 이유에서다.
하지만 조사위원회를 구성하자는 주장은 받아 들여지지 않았다. 강성식 목사(상주시민교회)는 "그분들도 모두 총회를 위해 기도한 것"이라며 "총회가 넓은 아량을 보여줘야 한다"고 답했다. 강 목사는 이어 "총회가 이런 것도 용납하지 않으면 극단적인 보수로 가게 된다"고 덧붙였다.
장신대 김운용 총장도 단상에 올라 기도회에 대한 해명을 자청했다. 김운용 총장은 "동문들이 총회를 위해 기도한다고 해서 장소를 제공한 것"이라며 "학교는 이를 거부할 명분이 없다"고 말했다. 김 총장은 이어 "무지개 신학교 무지개 총장이라는 프레임을 씌어 학교를 공격하지 말라"며 "젊은이들이 총회의 이런 모습을 보고 절망한다"고 강조했다.
논란은 오래 가지 않았다. 결국 장신대에서 열린 기도회 조사위원회를 꾸리자는 주장은 무산됐다.