군산시는 이와 관련해 재단의 운용소득 금액의 80% 이상을 목적사업에 사용해야 한다는 것을 이유로 보완을 요구해 왔다고 전했다.
군산시는 이에 대해 교육사업의 지속적인 추진을 위해서는 교육청의 요구사항을 모두 수용하기 어렵다면서도 이를 충분히 검토하겠다고 밝혔다.
한편 문제가 된 교육협력센터 설립을 위한 정수 승인 문제는 군산시와 교육청이 지난 2018년부터 논의해 왔으나 교육청이 승인을 하지 않으면서 기관 간 갈등으로 번지고 있다.
군산시청 주변에서는 차기 교육감 출마 가능성이 있는 군산교육발전진흥재단 이사장을 견제하려는 것 아니냐는 의혹도 제기되고 있다.