윤 후보의 대리인인 이완규·손경식 변호사는 이날 오후 "공수처가 윤 후보를 피의자로 입건해 조사하는 이유를 도저히 이해하기 어렵다"며 이같은 내용이 담긴 의견서를 공수처에 냈다. 윤 후보 측이 기자들에게 보낸 의견서의 요지를 보면 윤 후보 측은 그동안 여러 차례 조사와 판단이 이뤄진 사안이라며 혐의가 이미 해소됐다는 점을 강조했다.
윤 후보 측은 "한 전 총리 수사팀 감찰과 관련해 올해 주무 부서인 대검 감찰3과, 대검 부장회의에서 모두 무혐의 결정이 내려졌다"며 "이 결정에 대한 법무부와 대검의 합동감찰에서도 별다른 문제점이 없음을 확인한 바 있다"고 지적했다. 또 "법무부 징계위원회는 작년 12월 윤 후보에 대한 징계 절차에서도 '감찰 방해에 관해 혐의가 없다'며 징계 사유에서 제외했다"며 "이미 정밀한 조사와 판단이 이뤄진 사안"이라고 설명했다.
추미애 당시 법무부 장관의 지시에 반해 대검이 아닌 서울중앙지검 인권부에 사건을 배당하도록 하고, 임은정 법무부 감찰담당관을 수사 업무에서 배제하는 방식으로 윤 총장이 개입했다는 것이다. 공수처는 이러한 혐의가 직권남용권리행사방해죄에 해당한다고 보고 지난 6월 윤 후보를 입건해 정식 수사에 착수했다.
윤 후보 측은 이에 대해 "민원(폭로) 내용은 검사 징계시효 5년이 지난 상태여서 감찰 사안도 아니며 한 전 총리 본인이 법적 절차를 취한 바가 없으므로 신빙성이 매우 낮았다"며 "수감 중인 재소자가 무슨 증거를 수집했다는 것인지 이해하기 어려워 타인의 사주가 개입됐음을 의심할 만한 사정도 충분했지만, 윤 후보는 인권침해 가능성을 고려해 조사하도록 조치한 것"이라고 반박했다.
배당과 관련한 의혹에는 "검찰청 사무기구에 관한 규정은 검찰청 공무원의 인권침해 관련 사건에 대한 지휘 감독을 대검 인권부 소관 업무로 하고 있어 당연히 대검 인권부가 관장할 사안"이라며 "대검 인권부가 관장하되 민원인이 요구하는 대로 사건을 서울중앙지검으로 이첩하도록 했다"고 주장했다.
추 전 장관의 지시에 대해선 "작년 6월 법사위 소속 의원이 회의 석상에서 요청해 추 전 장관이 대검에 공문을 보냈다"며 "조사 중간에 갑자기 정치인과 장관이 조사처 변경을 요구하는 대단히 이례적이고 부적절한 요구였지만 윤 후보는 이를 받아들이고 대검 감찰부에 모든 기록을 인계했다"고 밝혔다.
이날 의견서는 공수처가 이달 11일 윤 후보 측에 A4 용지 40페이지에 달하는 질의서를 보내며 회신을 요청해 제출됐다. 공수처는 이 사건과 관련해 지난 7월 대검과 법무부를 압수수색해 관련 자료를 입수했고, 9월에는 임 담당관과 한동수 대검 감찰부장을 참고인 신분으로 조사했다. 지난달 9일에는 윤 후보와 함께 입건한 조남관 법무연수원장(전 대검 차장)을 피의자 신분으로 조사하기도 했다.
공수처는 관계자는 "변호인 의견서와 서면 진술서를 면밀히 검토한 뒤 직접 소환 조사 여부 등을 결정할 방침"이라고 말했다.