윤 총장은 4일 '검찰가족에게 드리는 글'이라며 검찰총장직을 내려놓는 소회와 함께 이같이 밝혔다. 윤 총장은 "검사의 수사지휘권이 폐지되고 검찰의 직접수사 영역이 부패범죄 등 6대 중대범죄로 한정된 지 이제 두 달이 지났다"며 "그간 우리는 검찰의 직접수사를 최대한 자제하여 꼭 필요한 범위에 한정하도록 노력해 왔다"고 적었다.
윤 총장은 "공정한 검찰, 국민의 검찰을 목표로 최선을 다했지만 더 이상 검찰이 파괴되고 반부패시스템이 붕괴되는 것을 지켜만 볼 수는 없다"며 "검찰의 수사권 폐지와 중대범죄수사청 설치는 검찰개혁이 아니다. 대한민국 법치주의를 심각히 훼손하는 것이다"고 비판했다. 여권의 이른바 검수완박(검찰 수사권 완전 박탈)을 추진하는 데 반발해 사퇴하는 것임을 재차 강조한 것이다.
끝으로 "총장의 직에서 물러나는 건 검찰의 권한을 지키기 위해서가 아닌 우리 사회의 정의와 상식, 민주주의와 법치주의를 지키기 위해서이다"며 "엄중하고 위급한 상황이지만 국민들만 생각하고 동요하지 말고 항상 국민을 섬기는 자세로 본연의 업무에 최선을 다해 주시기 바란다"고 말했다.
대통령의 사의 수용으로 윤 총장의 마지막 출근날이 된 이날 김후곤 서울북부지검장, 노정연 서울서부지검장 그리고 이주형 의정부지검장 등 인근 일선 검찰청의 지검장들은 인사 차 대검 청사를 찾았다. 다만 검찰 내 친정권 인사로 분류되는 이성윤 서울중앙지검장, 심재철 남부지검장, 김관정 동부지검장 등은 따로 방문하지 않은 것으로 알려졌다.