윤 총장 측은 소장에서 징계의원회 구성의 공정성 문제와 심의 과정에서의 방어권 침해 등 징계 절차에 위법성이 있다고 주장했다.
또 징계위가 징계 사유로 삼은 △재판부 분석 문건 △채널A 사건 감찰·수사 방해 △정치적 중립성 위반 등에 대해서는 "증거 없이 독단적인 추측으로 징계했다"며 부당하다고 반박했다.
이어 "정직 기간 검찰총장으로서의 직무를 수행할 수 없어 회복할 수 없는 손해가 발생했고, 정직 2개월은 사실상 해임에 준하는 유·무형의 손해로 (집행정지의) 긴급한 필요가 있다"고 가처분 신청의 이유를 설명했다.