윤 총장측은 추 장관의 명령이 내려진지 하루만인 25일 밤 서울행정법원에 온라인으로 직무정지 효력 집행정지 소송을 접수한 것으로 알려졌다.
집행정지 소송은 행정청의 처분으로 회복하기 어려운 손해가 발생할 우려가 현저할 경우 처분의 집행을 잠시 멈출지 여부를 법원이 결정하는 것으로, 윤 총장은 이완규 법무법인 동인 변호사와 이석웅 법무법인 서우 변호사를 법률 대리인으로 선임했다. 두 사람은 각각 윤 총장의 서울대, 충암고 선배다.
윤 총장은 지난 24일 직무집행 정지 처분이 내려지자 "직이 아니라 민주주의와 법치주의를 지키기 위해 법적 대응 할 것"이라고 말한 것으로 전해졌다.
법원이 윤 총장의 집행정지 신청을 받아들이면 추 장관의 직무배제 명령은 본안 소송의 결과가 나올 때까지 효력이 중단돼 윤 총장이 기사회생할 수 있다. 반면 신청이 기각될 경우 윤 총장은 사퇴하라는 외부 압력 속에 임기 말까지 '식물 총장'으로 전락할 수 있다.