윤 총장은 이날 국회에서 열린 법제사법위원회 국정감사장에 출석해 "(장관의 수사지휘가) 근거·목적 등에서 위법한 것은 확실하다고 생각한다"며 이같이 밝혔다.
또 "수사지휘권은 장관이 의견을 낼 필요가 있을 때 검찰총장을 통해서 하라는 것이지 특정 사건에서 지휘를 배제할 권한이 있느냐에 대해서는 대부분 법률가가 검찰청법 위반이라고 지적하고 있다"고 강조했다.
라임펀드 환매 중단 사태와 관련해 검찰이 야당 정치인 수사를 의도적으로 감췄다는 등의 이유로 추미애 법무장관이 윤 총장의 수사지휘권을 박탈하는 수사지휘를 내린 것을 두고 사실상 처음으로 공개 반박한 셈이다.
윤 총장은 "이 문제를 법적으로 다투면 법무·검찰 조직이 너무 혼란스러워지고 국민에게 피해가 가기 때문에 쟁송절차로 나가지 않은 것뿐"이라며 "일선 검사들은 (총장 수사 지휘가) 다 위법 부당하다고 생각할 것"이라고 말하기도 했다.
윤 총장은 "법리적으로 보면 검찰총장은 법무부장관의 부하가 아니다"라며 "만약 부하라면 검찰총장이라는 직제를 만들 필요도 없고, 총장을 보좌하는 참모조직인 대검의 방대한 시설과 조직을 국민 세금으로 운영할 필요도 없다"고 지적했다.
또 "장관은 기본적으로 정치인이자, 정무적 공무원인데 검찰총장이 장관의 부하라면 수사, 소추라고 하는 것이 정치인의 지위로 (이뤄져) 검찰의 정치적 중립과 사법 독립과는 거리가 먼 얘기가 된다"고 말했다.
국민의힘 윤한홍 의원은 "언론보도를 보면 식물총장이라는 표현도 있다"며 "범죄자들의 편지 하나 가지고 수사지휘권 행사해서 총장 권한을 박탈한다. 사퇴하라는 압력이라고 느끼냐"고 물었다.
이에 윤 총장은 "거취 문제는 아직 임명권자의 말씀이 없다. 임기라는 건 취임하면서 국민들과 한 약속인데 압력이 있더라도 제가 할 소임은 다 할 생각"이라고 답했다. 자진 사퇴 의사가 없음을 분명히 한 셈이다.
'살아있는 권력을 수사하던 에이스 검사들이 지방으로 좌천되고 일부는 사표를 냈다'는 질의에 윤 총장은 "인사는 인사권자의 폭넓은 재량이 있기 때문에 세세하게 말씀드릴 수 없다"고 답했다.
그러면서도 "힘 있는 사람에 대한 수사는 굉장히 힘들고 어렵다. 많은 걸 걸고 하는 것"이라며 "(좌천 등이) 너무 제도화가 되면 힘 있는 사람들에 대한 수사에 누구도 나서지 않을 가능성이 있다"고 우려를 나타냈다.