외교부는 이날 오전 기자들에게 보낸 문자메시지에서 일본 정부의 조치를 '입국거부'로 규정한 뒤 "정부가 그동안 일측에 추가 조치에 대한 신중한 검토를 수 차례 촉구했음에도 불구하고, 사전에 우리와 충분한 협의도 없이 이러한 불합리하고 과도한 조치를 취한 데 대해 극히 유감을 표하며 금번 조치를 즉각 재고할 것을 강력히 촉구한다"고 밝혔다.
이어 "정부가 코로나19(신종 코로나바이러스 감염증) 확산 방지를 위해 범정부차원에서 총력을 기울이고 있는 가운데, 우리의 우수한 검사·진단 능력과 투명하고 적극적인 방역 노력을 전 세계가 평가하고 있고, 확산방지 노력의 성과가 보이는 시점에서 취해진 조치라는 점에서 방역 외 다른 의도가 있는 것은 아닌지 의심할 수밖에 없다"고 덧붙였다.
외교부는 '일본에 대한 오염지역 지정 및 여행경보 격상 등 상응조치 여부'에 대해 "정부로서는 우리 국민들의 보건과 안전을 최우선으로 고려하면서 모든 가능한 조치들을 검토중에 있다"고 강조했다.
외교부는 일본의 '14일간 대기' 및 '무비자 입국 금지' 등의 조치가 전해진 이후 전날 밤 김정한 아시아태평양국장이 소마 히로히사(相馬弘尙) 주한 일본대사관 총괄공사를 불러 설명을 들었다.
이날은 조세영 1차관이 도미타 고지(富田浩司) 주한 일본대사를 초치해 거듭 항의와 유감을 표명할 예정이다.