그는 "핵심과제는 검찰이든, 경찰이든 수사 소추 기관이 준사법기관으로서 청와대, 재벌 등 한국사회의 거대권력으로부터 확실하게 독립해야 한다"며 "공권력 기관 자체가 기득권이 되고 권한을 남용하고 국민의 인권을 침해할 가능성을 차단하기 위해서 권한을 합리적으로 분산시키고 상호 견제하도록 만들고 국민들도 확실히 견제하고 감시할 수 있는 통제장치를 만들어야 한다"고 강조했다.
검찰에 대해서는 "수사, 소추권이 검찰총장 1인을 정점으로 하는 일사불란한 조직인 검찰에 집중돼 있다"며 "소추기관과 수사기관을 확실하게 분리해 검찰은 원칙적으로 소추기관으로서만 기능하고 지금까지 검찰이 행해왔던 광범위한 수사권을 검찰에서 분리해내는 것이 필요하다"고 지적했다.
경찰과 관련해서도 "인사 등에 있어 청와대와 권력으로부터 검찰보다 더 독립적이지 못하다"며 "경찰이 수사기관으로서의 전문성, 독립성, 공정성을 어떻게 확보할 것인가에 대한 답이 나와야 한다"고 말했다.