낙성대경제연구소 홈페이지에 따르면, 연구소는 2000년부터 안병직 이사장·구석모 소장 체제에서 박덕제 이사장·이영훈 소장 체제로 바뀌었다.
이 무렵부터 연구소의 방침이 외부에서 연구비를 지원받아 장기 연구프로젝트를 수행하는 방향으로 바뀌었다.
홈페이지에는 이 기간 얼마의 자금을 지원 받았는지는 나타나있지 않다.
다만, 이영훈이 스승 안병직 서울대 명예교수 등 한일 양국 학자 15명과 함께 1988년부터 3년간 도요타재단으로부터 300만엔(한화 3400만원)을 받아 식민지 연구를 진행한 것으로 보도된 바 있다.
'한국의 경제발전에 관한 역사적 연구'라는 타이틀로 진행한 이 연구는 이영훈이 주장해온 식민지 근대화의 이론적 토대를 마련한 작업이었다.
식민지 근대화론은 '일제 식민통치가 한국의 경제·정치 발전의 원동력이 됐다'는 논리로, 일본의 식민지배를 정당화한다는 비판을 받고 있다.
낙성대경제연구소 홈페이지는 "도요타재단의 연구비 지원을 받아 행한 1988년 한일 공동연구가 연구소 위상 정립에 중요한 역할을 했다. 연구인력 대부분이 연구소 멤버였고, 대규모 프로젝트를 직접 주관함으로써 연구·행정역량이 향상됐다"고 자화자찬했다.
반일 종족주의 공동저자 6명(이영훈·김낙년·김용삼·주익종·정안기·이우연) 중 3명이 낙성대경제연구소 소속이다. 현재 이영훈이 이사장, 김낙년이 소장을 맡고 있다.
한편, 세종대 호사카 유지 교수는 지난 19일 CBS라디오 '김현정의 뉴스쇼'에 출연해 " 낙성대 경제연구소에서 이뤄지는 연구기금이 어디에서 나오는지, 일본 기업에서 나오는 것은 아닌지 살펴볼 필요가 있다"고 말한 바 있다.
호사카 유지 교수는 특히 '반일 종족주의' 도서가 교보문고 베스트 셀러에 오른 것과 관련해 일본 극우 세력들이 많이 도와주는 거 아니겠냐"며 일본에서도 그런 사람들이 책을 많이 사주는 거 아니겠나. 그렇게 추측할 수가 있다"고 말하기도 했다.