이에대해 서울시교육청은 "이는 이들 학교가 지난 5년 동안 자사고 지정 목적에 맞는 학교 운영을 위한 개선 노력이 부족했음을 보여주는 것이다"고 평가했다.
아울러 이번 평가에서 자사고 측이 제기해 온 감사 관련 감점 등 지적사례 항목이 평가 결과에 결정적인 영향을 미쳤다는 주장은 사실이 아닌 것으로 나타났다고 시교육청은 설명했다.
박건호 서울시교육청 교육정책국장은 "실제 감사 등 지적사례 항목의 경우 –1점부터 –12점까지 학교별 편차가 큰 편인데 평가 결과 최대 감점 12점을 받고도 지정취소가 되지 않은 학교가 있는 반면, -1점의 감점이 있었으나 지정 취소가 된 학교도 있다"고 말했다.
서울시교육청은 "이번 자사고 운영성과 평가는 일각의 우려처럼 자사고 폐지 정책의 일환으로 한 것이 아니며, 단지 지난 5년간의 운영 성과에 대한 평가를 한 것이다"고 강조했다.
그러면서도 자사고 재지정 평가가 고교체제개편 2단계 계획의 일환인만큼, 이번 평가가 이에 부합하는 것인가에 대해서는 회의적인 평가를 했다.
박건호 국장은 "자사고를 평가해서 어느 학교를 떨어뜨리고 합격시키는 것보다는 일괄적으로 초중등교육법 시행령 91조를 바꾼다던가 하는 게 바람직하지 않았나 하는 생각이 든다"고 말했다.
시행령 개정을 통해 자사고를 일괄폐지한다 하더라도, 이번에 평가에서 재지정된 자사고는 5년 유예기간을 거쳐야 한다. 따라서 시행령 개정 효과를 거두려고 했다면, 이번 평가 전이 적기였다.