국방부는 9.19군사합의 이후 작전수행절차가 변경돼 해군 함정 지휘관들이 경계작전에 어려움을 겪고 있다는 일각의 보도에 대해 남북 군사당국이 합의한 작전수행 절차는 기존에 비해 단계별 모호성을 없애 명확히 한 것이라며 이같이 밝혔다.
국방부는 "북한군 함정에 대한 기존 북방한계선 작전수행 절차는 3단계였으며, 현장에서의 적용은 경고통신을 수회 실시하고, 2~3회의 경고사격 이후 조준사격을 하는 것이었다"며 이를 "'경고방송 → 2차 경고방송 → 경고사격 → 2차 경고사격 → 군사적조치"로 바꾼 것이라고 설명했다.
국방부는 또 북방한계선 작전수행절차는 북한군 함정을 대상으로 한 것으로, '9·19 군사합의'에 따라 변경된 작전수행절차는 이번 북한 소형 목선 상황과는 전혀 무관한 것이라고 덧붙였다.
국방부는 "9·19 군사합의 이후 지난 9개월여 동안 남북간 지상·해상·공중 접경지역에서 군사적 긴장을 고조시키는 행위는 한 건도 식별되지 않았다"고 강조했다.