그는 주일 대사관에서 2등 서기관, 경제과장, 공사참사관 등으로 3차례 근무했다. 본부에서도 동북아통상과장과 동북아국장을 맡는 등 대일 업무를 담당하는 주요 업무를 맡았다. 문재인 정부 출범 이후 한일 위안부 합의 검증에 참여한 경력도 있다.
2012년 이명박 정부 시절에는 한일 정보보호협정 밀실처리 파문에 따른 문책성 인사로 동북아국장직에서 물러났고, 이듬해 외교부에서 퇴직했다.
이후 동서대에서 특임교수로 재직하다가 2017년 문재인 정부 출범 뒤 꾸려진 외교장관 직속 '한일위안부 합의 검토 태스크포스'(TF)에 부위원장으로 참여했으며, 지난해 9월 차관급인 국립외교원장으로 발탁됐다. 이후 8개월만에 1차관으로 자리를 옮겼다.
일본통인 조세영 원장의 기용은 현재 악화일로를 걷고 있는 한일관계를 풀어야 한다는 문재인 대통령의 의지가 반영된 것으로 보인다.
조 신임 차관은 외교원장으로 재직 중이던 지난해 12월 기자들과 만나 강제징용 배상판결 등 한일갈등과 관련해 "완벽하지 않은 틀이라도 틀이 존재한다는 현실은 인정하고 그 토대 위에 서서 그것으로 커버되지 않은 문제를 어떻게 극복할 수 있겠는가 하는 것을 고민하는 게 정도(正道)"라고 말한 바 있다.