연구회에 따르면 이충무공전서에는 서한 6편과 잡문 3편, 1593년 7월 16일자 편지 추신이 있다고 되어 있지만, 서간첩에는 서한 8편은 있지만 잡문 3편은 없고, 편지 추신도 없다.
또한, 이충무공전서에는 약무호남 시무국가의 '국'자가 한자 서식에 맞추어 상단에 위치하고 있지만 서간첩에는 '국'자가 하단에 위치하고 있고 글씨체도 옥편에 등재된 초서체가 아니라고 주장했다.
서간첩의 첫 번째 장에 수록된 이순신장군이 조카에게 보낸 편지는 종이질감이 갈대 잎처럼 거칠었으나, 세 번째 장에 수록된 약무호남 시무국가라는 문구가 쓰여진 1593년 7월 16일자 편지의 종이는 두껍고, 표면이 균일하고 질감이 매끄러워 같은 시대에 만들어진 종이가 서로 다르다는 것을 지적했다.
연구회는 "차이점이 발견된 이상 서간첩의 종이의 질이 400년 전의 종이 인지 확인하는 등 보다 객관적인 검증이 필요하다고 생각되어 문화재청장에 이에 대한 확인을 공문으로 요청했고, 앞으로도 충무공친필검증을 위한 노력을 계속 진행할 것이다."라고 말했다.