검찰은 지난 2008년 KBS가 세무당국을 상대로 한 법인세 부과처분 취소소송에서 2448억원을 돌려받을 수 있을 것으로 기대되는 상황에서 556억원만 돌려받기로 합의해 KBS에 손해를 끼친 혐의(특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률상 배임)로 정 전 사장을 기소했다.
하지만 정 전 사장은 1심부터 대법원 상고심까지 모두 무죄를 받았다.
이에 대해 과거사위는 "당시 사정을 종합적으로 고려하면 정 전 사장에 대한 공소는 유죄판결의 가능성에 상당한 이유가 없음에도 제기된 것으로 적법한 공소권 행사의 범위를 일탈했다"고 지적했다.
당시 정 전 사장에 대한 수사지휘 라인은 △명동성 서울중앙지검장 △최교일 1차장검사(현 자유한국당 의원) △박은석 부장검사 등이다.
다만 수사와 기소과정에 부당한 외압이 있었는지 여부에 대해서는 "가능성에 대해 의심스러운 사정이 있지만 조사상 한계 등으로 인해 이를 판단할 수 없었다"고 설명했다.
과거사위는 또 문 총장이 정 전 사장에게 사과하고 검사의 권한남용을 통제할 수단을 마련할 것을 권고했다.
특히 판사나 검사 등이 법률사건을 처리하거나 재판할 때 일방적으로 유리하거나 불리하게 법을 왜곡할 경우 처벌하는 이른바 '법왜곡죄' 도입을 적극 검토할 것도 주문했다.