9일 법무부 산하 과거사위(위원장 김갑배)는 "검찰은 정치적 중립을 철저하게 지키고, 특정사건에 대한 대검의 수사지휘를 가능한 한 축소해야한다"며 이같이 밝혔다.
그러면서 "수사지휘를 함에 있어 범죄 혐의와 무관한 사항을 이유로 지휘하는 것을 지양할 것"을 권고했다.
'피디수첩 사건'은 2008년 4월 MBC에서 방송한 '미국산 쇠고기, 과연 광우병에서 안전한가?'의 제작진들에 대해 농림수산식품부가 명예훼손 혐의로 검찰에 수사의뢰하면서 시작한다.
이후 검찰이 수사팀을 교체하면서까지 수사해 2009년 6월 제작진들을 기소했으나, 법원에서 무죄가 확정됐다.
과거사위는 당시 피디수첩 수사가 개인 범죄혐의를 확인하기 위한 것을 넘어, 정부정책을 비판한 방송의 허위 여부를 밝히는 데 목적이 있었다고 판단했다.
당시 검찰은 피디수첩 보도에 대한 법적 조치를 취하려고 미국, 독일 등 5개국의 사례를 조사했지만, 형사사건으로 처벌한 예는 거의 없다는 사실을 알았다.
그럼에도 불구하고 2008년 6월 당시 검찰총장은 해당 사건을 서울중앙지검 형사2부(임수빈 부장검사)에 배당하는 것을 승인한다.
이에 대해 과거사위는 "범죄혐의사실이 공무원 개인을 피해자로 하는 명예훼손임에도 정부기관이 대신 수사의뢰를 했던 것으로, 전례가 없는 일이고 지극히 부당하다"고 설명했다.
그러나 당시 수사의뢰가 범정부차원에서 사전 조율됐을 가능성에 대해선, 조사상의 한계로 진상을 규명할 수 없었다고 밝혔다.
과거사위는 또 당시 수사팀이 방송 내용이 명예훼손에 해당한다고 보기 어렵다는 보고서를 제출했으나, 대검찰청은 오히려 강제수사를 지시했던 것으로 조사됐다.
수사팀이 기소할 수 없다고 하자 당시 서울중앙지검 1차장 검사는 임수빈 부장검사만 따로 불러 "무죄가 나와도 아무 문제가 없으니 기소를 하라"는 취지의 지시를 한 정황도 드러났다.
그러나 임 전 부장검사는 1차장의 지시를 거부했고, 그 이후 검찰로부터 암행감찰을 받았다는 진술도 한 것으로 전해진다.
이에 과거사위는 "위법·부당한 수사지시에 대해 상급자나 상급기관에 이의를 제기하는 실효성 있는 절차를 마련하고, 수사지휘 과정을 투명하게 운영할 것"을 권고했다.