기장총회는 제대로 조사하지도 않은 채 다른 교단이 소속 교단 목회자를 이단으로 규정한 자체가 말도 안 되는 행동이라고 비판했다.
기장총회에 속한 목회자들은 특히 예장통합총회 결정에 아쉬움을 드러냈다. 기장총회와 예장통합총회는 한국기독교교회협의회 회원 교단이기도 하고, 에큐메니칼 운동의 파트너로서 활동해 왔는데, 이단성이 있다는 결론을 너무 쉽게 내렸다는 얘기다.
덧붙여 이들은 예장통합총회를 향해 공교회를 사유화하는 목회세습 방지에나 집중하라고 충고하기도 했다.
육순종 목사 부총회장은 신임 임원 기자회견에서 "성소수자 목회 문제는 무척 뜨거운 이슈"라면서도 "이 문제를 잘못 다루면 교회가 세상으로부터 고립될 수 있다"고 경고했다.육순종 목사부총회장은 "교단과 교단끼리 정직하고 차분한 소통을 시작해야 한다"고 제안하기도 했다.
임보라 목사가 속한 기장총회 서울노회도 긴급 성명서를 발표하고, 임보라 목사에 대한 이단 정죄를 즉각 취소하라고 촉구했다.
한편, 이번 사건이 지난해와 재작년에도 올라와 부결됐던 성소수자 연구위원회 설치 건에 어떤 영향을 미칠지도 관심이다.
헌의안을 올린 기장총회 교회와사회위원회 위원장 최형묵 목사는 "성소수자 문제가 어렵지만, 공적인 토론을 하고 합의점을 찾아 나가는 것이 성숙한 교회의 모습"이라고 말했다.
동성애 지지나 옹호 여부를 떠나 성소수자가 교회에 존재하는만큼 그들을 위한 목회를 연구해야 할 필요가 있다는 의견에 힘이 실리고 있다.