매뉴얼은 성폭력이 발생했을 때 피해자의 대처법을 비롯해 교회와 노회, 총회가 성폭력 예방과 대처를 위해 해야 할 일을 담고 있다.
매뉴얼에서는 성폭력예방교육을 강조하고 있다. 교회는 교인들을 대상으로, 노회는 2년에 한번씩 노회원을 대상으로 성폭력예방교육을 의무실시하고, 성윤리지침 서약서를 받도록 했다.
또 총회는 성폭력 피해자의 권익을 옹호하고 가하자를 치리할 성폭력예방과 처벌에 관한 법을 제정해야 한다고 밝혔다.
특히 목회자도 인간이며 성적 문제에 있어서는 취약해질 수 있다면서, 교인들이 목회자에 대한 존경과 왜곡된 영적 권위를 분별할 것을 매뉴얼은 당부하고 있다.
최기학 총회장은 교회 내 성폭력의 대처는 교회공동체가 상처받는 일이 없도록 피해자를 보호하는 데 있다면서, 전국교회와 노회가 대응 매뉴얼을 잘 활용해 건강한 교회 공동체가 되도록 힘써달라고 밝혔다.
현재 예장통합총회는 교단 내에 교회성폭력대책위원회를 두고 전화, 온라인 상담을 받고 있다.
이밖에 한국성폭력위기센터, 기독교여성상담소, 장신대 내에 있는 희망나무 센터와 업무협약을 맺어 교단 안에서 이뤄지는 교회 성폭력 피해자들의 피해 접수와 상담을 진행하고 있다.
또 올 103회 정기총회에서 성범죄를 저지른 교단 소속 목회자에 대한 징계와 처벌 기준을 담은 헌법개정도 추진한다.