윤두준의 입대 소식은 지난 22일 알려졌다. 소속사는 "최근 입대 영장을 받은 윤두준이 현역 복무하게 됐다"고 밝혔다. 윤두준은 지난달 의무경찰 선발 시험에 응시했지만 지난 21일 불합격 통보를 받은 것으로 전해졌다. 이 때문에 계획이 틀어졌고, 더 이상 군 입대를 미룰 수 없는 처지였던 윤두준은 부랴부랴 입대 준비를 하게 됐다.
갑작스러운 입대로 그가 주인공으로 출연 중이던 tvN 16부작 드라마 '식샤를 합시다3: 비긴즈'는 14회로 조기 종영하게 됐다. 이에 일부 시청자들은 입영 날짜가 임박한 상황에서 드라마 출연을 결정한 윤두준과 섭외를 강행한 제작진에게 아쉬움을 표했다.
윤두준은 홈페이지에 올린 자필 편지를 통해 "늦은 나이에 드디어 국방의 의미를 다하고자 갑작스럽게 떠나게 됐다. 하루 빨리 다녀오고 싶었지만, 그러지 못했던 짐을 이제나마 덜 수 있게 돼 한 편으로 기쁘게 생각한다"며 "멤버들, 가족들, 친구들, 회사 식구들, 드라마 관계자분들께 너무나 죄송하고 감사드린다"고 전했다.
손동운은 "(윤두준이) 리더가 아니었다면 지금 우리는 없었을지도 모른다. 너무 믿고 너무 따르고 너무 좋아하는 사람. 영원한 하이라이트의 리더, 영원한 우리 형 건강하게만 다녀오기를"이라고, 용준형은 "역시 우린 같이 있으면 웃을 수밖에 없구나. 곧 만나자 사랑한다"라고 썼다.