'신과함께2'는 환생을 목전에 둔 저승 삼차사 강림(하정우), 해원맥(주지훈), 덕춘(김향기)이 마지막 49번째 재판을 앞두고 이승과 저승, 과거를 넘나들며 잃어버린 비밀의 연을 찾아가는 여정을 그린다.
그 중심에는 삼차사의 1천년 전 과거를 기억하는 성주신(마동석)이 있다. 이에 따라 '신과함께2'는 저승 삼차사가 과거의 숨은 비밀을 찾아가는 전개가 또 다른 큰 축을 이룬다.
#1. 강림은 차사 가운데 유일하게 자신의 과거를 기억한다. 그는 원귀이자 49번째 귀인이 된 수홍(김동욱)의 억울한 죽음을 밝히기 위해 재판을 강행한다. 그 과정에서 잊고 싶은 1천년 전 기억을 상기하게 되고, 해원맥과 덕춘은 이승에서 만난 성주신으로부터 자신들의 잃어버린 과거 비밀을 듣게 된다.
#2. 원귀 수홍의 재판은 저승에서 가장 유능한 변호사로 꼽히는 강림에게도 어려운 여정이 될 수밖에 없다. 급기야 강림은 무슨 이유에서인지 저승을 관장하는 염라대왕(이정재)을 증인석에 앉힌다.
#3. '신과함께2'에서는 고려 장군이었던 강림, 고려 시대 최고 무사 해원맥, 변함없이 순수했던 덕춘의 흥미로운 과거가 등장한다.
#4. 원귀이자 49번째 귀인 수홍은 만만치 않은 망자다. 사사건건 강림에게 의견을 내놓고, 과거를 캐고, 의도를 따져 묻는다. 베테랑 변호사 강림마저도 이에 탄식을 내뱉는다.
#5. 새로 등장하는 성주신은 1천년 전 삼차사를 저승으로 데려온 장본인이다. 현재는 사람들을 지키는 가택신. 그는 저승 차사 앞에서는 막강한 힘을 발휘하지만 인간들 앞에서는 맥이 빠질 정도로 연약하다.
#6. 이 영화 속 지옥은 지은 죄에 따라 풍경이 달라진다. 수홍은 형 자홍과는 다른 저승의 여정을 이어가며 새로운 지옥 풍경을 보여준다.