25일 교보문고가 발표한 5월 셋째 주(16일~22일 온·오프라인 합산) 베스트셀러 순위 집계에 따르면, <3층 서기실의 암호>는 종합 베스트셀러 1위를 기록했다. 이와 함께 예스24, 알라딘 등에서도 종합 1위에 올랐다.
남북정상회담을 계기로 화해의 분위기가 무르익었던 남북 관계가 북측의 남북고위급회담 연기 통보 등으로 경색되고, 대북관계 신중론이 대두되면서 책이 관심을 받은 것으로 업계는 분석했다. 이로 인해 책은 한때 품귀 현상을 빚기도 했다.
구매자들을 연령별로 살펴보면, 평소 도서 구매가 미미했던 60대 이상 남성 독자가 31.7%로 구매가 가장 높은 것으로 나타나 눈길을 끌었다.
책에는 2016년 8월 가족과 함께 한국으로 망명한 태 전 공사의 경험담과 북한의 대외정책 기조, 내부 모순, 김정은 국무위원장의 발언과 일화 등이 담겼다. 출판사는 기 제작한 5만 부가 소화돼 추가로 2만 부 인쇄에 들어갔다고 밝혔다.