그는 "대선을 앞두고 학교 교비를 빼돌려 정치자금으로 사용했다는 보도와 관련, 2012년 대선 당시 조직총괄본부의 60만 조직원들은 어떤 외부 지원도 없이 자비로 선거운동을 했다"며 "저 또한 불법 정치자금을 받은 적 없다"고 해명했다.
홍 의원은 특히 자신이 이사장인 경민학원에 대해서는 "정치뿐만 아니라, 정치자금과는 더더욱 아무런 관련이 없다"고 선을 그었다. 검찰은 홍 의원이 경민학교를 통해 기부금 명목으로 돈을 받아 정치자금에 사용했다는 의혹을 품고 있는 것으로 알려졌다.
그는 2014년 지방선거와 관련된 의혹에 대해서도 "2014년 지방선거 공천과 관련해 공천헌금 등 어떤 불법 정치자금을 받은 적 없다"고 일축했다. 홍 의원이 현재 받고 있는 혐의는 검찰이 같은 친박계 이우현 의원의 공천헌금 의혹을 수사하는 과정에서 함께 포착됐다는 말이 나돌고 있다.
그러나 그는 "2014년 지방선거를 앞두고 당 사무총장으로서 중앙당의 공천심사위원장을 맡고 있었다"며 "중앙당 공천심사위원장은 광역자치단체장에 대해 심사만 할 뿐 기초단체장 및 광역·기초의원은 도당에서 하므로 본인은 지방선거 공천헌금과는 아무런 관련이 없다"고 말했다.