기재부와 국세청은 개신교, 불교, 천주교 등 교단 관계자들이 모두 참석한 가운데 비공개 토론회를 개최할 예정이었으나, 보수 개신교계는 앞서 "세부과세 기준안이 종교인 과세가 아닌 종교과세에 해당한다"며 종교별 공개토론회를 요구하고 비공개 토론회 불참을 밝힌 바 있다.
종교인 과세 문제를 대응하고 있는 한국교회 공동 TF(위원장 권태진 목사)측은 "개신교 참석이 없어도 비공개 토론회를 진행할 수 있었음에도 불구하고 기재부가 비공개 토론회 무산의 책임을 개신교에 돌리는 것은 무책임한 처사"라고 지적했다.