연제욱 당시 사이버사령관이 직접 결재한 '격려금 집행계획 보고'라는 제목의 문건에는 2011년 12월 21일 국가정보원장으로부터 500만원을, 국방부 장관으로부터 100만원을 각각 수령했고, 이는 사이버전 수행 성과 및 연말 부대원 사기 진작 등을 격려하기 위한 목적이라고 표기돼 있다.
사이버사령부의 댓글 작전은 이명박 정권 4년차인 2011년부터 활발히 이뤄졌으며, 한미 FTA, 박원순 시장의 아들 병역논란 등 이슈 및 안철수, 문재인 등 야권 대선 주자들을 비방하는데 주력했다.
사이버사령부를 국방정보본부 예하 부대에서 국방부 직할부대로 편성하는 내용의 '사이버사령부 지휘체계 개선(안) 검토보고'라는 문서도 공개됐다.
정보본부장을 거치지 않고 장관이 직접 통제하는 부대로 변경할 것을 검토한 것으로, 실제 사이버사령부는 그 해 9월 국방부 장관의 직속 부대로 승격됐다.
이 의원은 "김관진 전 장관은 대선을 1년 앞두고 사이버사령부를 자신의 직접 지시,통제를 받는 부대로 개편하였고, 그 해 말 국정원에서는 '격려금'이라는 돈이 지급됐다"며 "정치 개입이 2012년 총선, 대선을 앞두고 급하게 이루어진 것이 아니라 준비과정을 거쳐 계획적으로 진행되었던 것"이라고 지적했다.