당초 문재인 대통령은 취임 직후였던 지난 5월 19일 김 후보자를 지명하면서 "공권력의 견제나 사회적 약자 보호를 위한 소수의견을 지속적으로 내는 등 사회의 다양한 목소리에 귀를 기울여 왔다"고 평가했다.
이 같은 발언은 2012년 당시 야당이었던 민주당 몫으로 헌법재판관에 추천됐던 김 후보자의 진보적 정체성을 드러내는 평가로 받아들여졌다. 때문에 보수 야권은 지명 당시부터 '코드 인사'라고 반발했고, 이념 편향성을 문제 삼았다.
이념 편향성 공세의 주된 근거로는 2014년 12월 통합진보당 해산에 대한 헌법재판소의 결정에서 제시한 소수 의견이 문제가 됐다. 당시 헌재는 결정문에서 "통진당의 활동이 민주적 기본질서에 위배되고 나아가 해산의 필요성이 인정된다"는 의견을 냈지만, 김 후보자만 유일하게 '반대' 취지의 소수의견을 냈다.
결국 과거 판결 전력은 '편향적'이란 반대론과 '헌법 해석의 다양성'이란 옹호론으로 엇갈려 인사청문회의 쟁점이 됐다. 그러나 김 후보자는 "통진당의 목적과 활동이 민주적 기본질서에 위배되지 않는다"는 기존의 입장 굽히지 않았다.
오히려 청문회(2017년 6월 7~8일) 직전인 6월 5일 국회에 제출한 서면질의답변서에서 '헌법재판소 재판관 재직 시 내렸던 판결 중 스스로 가장 자랑스러웠던 판결 5가지'를 묻는 질문에 '통진당 해산 반대 의견'을 첫째로 들었다.
통진당을 옹호하는 듯한 해석은 자유한국당과 바른정당 등 보수야권의 일관된 반대의 빌미가 됐다.
그의 소수의견 중에는 '동성애 옹호' 논란으로 극우 정치권과 기독교계의 반발을 산 사례도 있다. 김 후보자는 2016년 7월 헌재가 군대 내 동성 간 성행위를 처벌하는 군형법 조항의 합헌 결정 당시 '위헌' 소수의견을 냈다.
이에 대해 국민의당 김수민 원내대변인은 지난 5일 논평에서 "김 후보자의 본회의 표결을 앞두고 있다"며 "그간 많은 논란이 있었지만, 특히 軍내 동성애 인정 관련 논란에 대해 여당의 입장이 정리되지 않고 있다"고 지적했다.
김 원내대변인은 "김 후보자가 헌재소장이 될 경우 자칫 軍내 동성애 행위를 처벌토록 규정한 군형법에 대한 위헌 결정이 나올 수 있다고 우려하고 있다"며 교계의 입을 빌려 우회적인 반대 입장을 피력했다. 결국 김 후보자에 대해선 보수야권뿐 아니라, 국민의당도 선뜻 '사상' 문제에서 찬성 입장을 정하기 어려웠던 셈이다.
그러나 인사청문회 정국 고비마다 낙마한 다른 공직 후보자들과 연계되는 등 여권 입장에서도 사실상 '약한 고리'가 됐다. 강경화 외교부 장관 임명을 강행하면서 김 후보자 표결은 뒤로 밀렸다. 그러다 이유정 헌법재판관 후보자가 낙마하면서 이번 정기국회에는 처리될 것이란 전망이 나왔다.