현행 국립대 총장은 대학이 교수·학생·직원 등으로 구성된 '총장임용추천위원회'를 통해 복수의 총장 후보자를 무순위로 추천하면 교육부가 후보자 가운데 적합성을 따져 대통령에게 임용제청할지를 결정한다.
총장임용추천위는 지난 2012년 1월 이명박 정부 당시 마련된 방안으로 교수들이 총장 후보자를 직접 선출하는 '총장 직선제'를 막기 위해 도입된 '간선제' 방식이다. 이후 각 대학에 간선제 도입을 독려하기 위해 정부는 재정지원 사업 대학 선정시 간선제를 채택한 대학에 가점을 부여해왔다.
또한 박근혜 정부 들어 1순위 추천자를 제치고 2순위 후보자들이 총장으로 대거 임명돼 문제를 일으키자 지난 2015년 무순위 추천제를 도입했다.
이명박, 박근혜 정부 당시 일방적인 국립대 총장 임용으로 상당수 국립대는 총장이 장기간 자리를 비우는 파행이 벌어져왔다. 특히 공주대의 경우 박근혜 정부가 추천된 후보자 모두를 거부하면서 40개월이 넘게 총장 공석사태가 이어지고 있다. 이외에도 광주교대·전주교대·방송대 등 3개 대학도 총장 공석인 상황에서 후보자 재추천도 이뤄지지 않고 있다.
또한 지난 2015년에는 부산대학교 고현철 교수가 '총장 직선제'를 요구하며 투신해 스스로 목숨을 끊는 사태도 발생했다.
이에 따라 교육부는 총장 후보 선출방식과 재정지원을 연계하던 제도를 내년부터는 완전폐지해 대학이 자율적으로 총장 후보 선출방식을 정하도록 했다.
무순위 후보추천 방식을 예전처럼 순위를 정해 추천할 수 있도록 하고, 교육부는 대학이 정한 순위를 우선 고려해 임용제청하기로 했다. 다만 1순위 후보자가 부적격이고 2순위 후보자가 적격일 경우 대학의 사전 양해를 구한다는 방침이다.
교육부 관계자는 "현재의 제도가 대학의 자율권을 침해하고 의사 반영을 제한하는 등 국립대 총장 임용과정에서 발생한 교육적폐를 해소하기 위해 제도를 개선하기로 했다"며 "총장 장기 공석 사태도 하루 빨리 해소해야 한다는 차원에서 기존 후보들을 재검토하기로 했다"고 밝혔다.
이 관계자는 또 일부 탈락 후보자들이 요구해온 탈락사유 공개와 관련해서도 "부적격 후보자들이 요구할 경우 본인에게 탈락사유를 통보하는 방안을 검토하고 있다"고 밝혔다.