박 본부장은 이날 배포한 '사퇴의 글'을 통해 "국민에게 큰 실망과 지속적인 논란을 안겨드려 다시 한번 정중하게 사과드린다"며 "저의 사퇴가 과학기술계의 화합과 발전의 계기가 되기를 진심으로 기원한다"고 밝혔다.
아울러 "어렵게 만들어진 과학기술혁신본부가 과학기술 컨트롤타워로서 역할을 충실히 해서 과학기술인의 열망을 실현시켜 주시기를 간절히 바란다"고 했다.
그는 "11년전 황우석 박사의 논문 조작사건은 저에게 영원히 지워지지 않는 주홍글씨였다"며 "외국의 저명한 줄기세포 연구자들도 모두 감탄할 정도의 연구가 조작일 줄이야 누가 알았겠는가? 황우석 교수 연구 조작의 모든 책임이 저에게 쏟아지는 것은 저에게는 너무도 가혹한 일이다"고 억울함을 호소했다.
그는 이어 "이렇게까지 임기 중 일어난 사고에 대해 무한 책임을 지고 삶의 가치조차 영원히 빼앗기는 사람은 정부 관료 중 아마도 저에게 씌워지는 굴레가 가장 클 것이라고 생각한다. 세상이 이렇게까지 가혹하지는 않았으면 좋겠다"고 했다.