박 본부장의 사퇴는 문재인 정부들어 안경환 전 법무부 장관 후보자, 조대엽 전 노동부 장관 후보자에 이어 세번째다.
박 본부장은 '황우석 사태'에 깊이 연루된 인물이라는 점 때문에 정치권과 과학기술계로부터 거센 사퇴 압력을 받아 왔다.
순천대 교수 출신인 그는 노무현 정부의 대통령직인수위원을 지낸 데 이어 2004년 1월부터 2006년 1월까지 청와대 정보과학기술보좌관을 맡으면서 황우석 전 서울대 교수의 연구를 전폭적으로 지원하는 데 중심 역할을 했다.
박 본부장은 보좌관 재직 당시에는 실제 연구 기여 없이 황 전 교수가 2004년 낸 사이언스 논문에 공저자로 이름을 올렸다. 또한 황 전 교수로부터 전공과 무관한 연구과제 2개를 위탁받으면서 정부지원금 2억5천만 원을 받았다.
이 때문에 과학기술인단체들과 시민단체들, 야당 등은 박 본부장의 사퇴를 요구해 왔고 여당인 더불어민주당 의원들 상당수도 청와대에 부정적 입장을 전한 것으로 알려졌다.
이에 박 본부장은 사퇴 전날인 10일 과학기술계 원로들과 연구기관장들을 초청해 연 정책간담회에서 11년 반만에 황우석 사태 연루에 대한 사과의 뜻을 밝혔지만 압박이 잦아들지 않자 결국 하루만에 물러났다.