검찰과 국민의당 등에 따르면, 이 전 최고위원은 지난 5월 6일 이 씨로부터 받은 관련 문자 2개와, SNS 무료통화 내역 1건을 삭제한 것으로 전해졌다.
메시지와 통화 내용은 문준용 씨의 취업 특혜 의혹의 증거로 제시된 카카오톡 대화와 녹취 음성 파일의 제보자가 없다는 내용이었으나 이 전 최고위원이 이를 삭제해 증거를 은폐하려 했다는 것이다.
두 사람간 문자와 통화가 온간 5월 6일은 국민의당이 문 씨 취업 특혜 의혹을 폭로하는 첫 기자회견을 연 다음날이었다.
이 전 최고위원은 그동안 검찰 조사에서 '증거조작' 사실 자체를 몰랐고 제보 조작을 지시한적 없다고 진술해왔으나 진술 자체가 거짓일 가능성 높아진 것이다.
법원이 이 전 최고위원의 구속영장을 발부하게된 결정적 계기도 문자와 통화내역 삭제에 따른 증거 인멸 우려가 크게 작용했던 것으로 전해진다.
또, 이 씨의 메시지가 이 전 최고위원에게 전달된 다음날인 5월 7일에도 국민의당은 2차 기자회견을 통해 다시 한 번 조작된 증거를 공개했다.
일각에서는 이 전 최고위원이 '증거 조작'사실을 알고 있었고 윗선에 보고 했음에도 국민의당이 2차 기자회견을 강행했을 가능성까지 제기되고 있다. 국민의당 차원에서 증거 조작 사실을 알고 묵인했다는 것이다.
하지만 국민의당은 자체 진상조사를 통해 일찌감치 이번 사건이 이유미 씨의 단독 범행이라고 결론지었다.
이에따라 공명선거추진단장을 맡았던 이용주 최고위원을 포함한 국민의당 윗선에 대한 수사가 불가피할 전망이다.