조 후보자는 이날 국회 인사청문회에서 자유한국당 최경환‧국민의당 이태규·바른정당 정양석 의원 등이 제기한 '고의 폐기' 의혹에 대해 "남북정상회담 대화록과 관련해선 제가 좀 더 치밀하게 잘 처리했더라면 이런 일이 발생하지 않았을 것"이라고 답했다.
그는 "국가기록원 이관되도록 면밀히 챙기지 못한 것에 대해 송구스럽게 생각한다"고도 했다. 지난 2013년 국가기록원에 초록이 존재하지 않는다는 사실이 드러나 '사초 폐기' 의혹이 제기됐던 노무현 전 대통령과 김정일 전 북한 국방위원장 간 회의록은 고의 폐기된 것이 아니라는 주장이다.
해당 회의록은 노 전 대통령의 '서해 북방한계선(NLL) 포기' 발언이 있다는 의혹에 따라 2012년 18대 대선 당시 문재인 후보를 공격하는 논리를 제공한 문건이다. 조 후보자는 노무현 정부에서 통일외교안보정책 비서관을 역임했다.
검찰은 조 후보자 등 2명을 대통령기록물관리법 위반 등의 혐의로 기소했다. 당시 비서실장이었던 문 대통령은 불기소됐다. 조 후보자는 해당 사건의 대법원 판결을 기다리고 있다.