공직 생활 대부분을 경제기획원·재정경제원·예산청·기획예산처·기획재정부 등 예산· 기획 재정 당당 경제부처에서 일했다.
노무현 정부 시절에는 청와대 경제수석비서관실 행정관과 정책실 정책보좌관으로 일했다.
박근혜 정부 출범을 앞두고는 대통령직인수위원회 경제1분과 전문위원으로 합류해 경제정책의 밑그림을 그렸고, 정부 출범 후에는 국정기획수석비서관실과 정책조정수석비서관실에서 기획비서관으로 일했다.
이어, 지난해 초 미래창조과학부 제1차관으로 임명돼 창조경제·연구개발·과학기술전략·미래인재 정책 업무를 총괄했다.
홍남기 실장은 이날 오후 미래부 가자실을 들러 "공직을 접는가 했는데 총리실에서 더 일하게 됐다"며 "미래부에서 보고 듣고 배운 것을 잊지 않겠다. 무엇을 하든 열심히, 그리고 바르게 하려고 노력하겠다"고 밝혔다.
이어 "제 역량이 적었을지 모르지만, 열심히 바르게 하려고 노력했다"며 "그동안 미래부에 보내준 따뜻한 관심, 예리한 지적, 건설적 제언 등에 대해 정말 고맙게 생각한다"고 덧붙였다.