BTL사업은 민간이 자금을 투자해 사회기반시설을 건설(Build)한 후 국가 또는 지방자치단체에 소유권을 이전(Transfer)하고, 일정기간 시설임대료(Lease fee)를 지급받아 투자비를 회수하는 민간투자 사업방식이다.
감사원에 따르면 그러나 한국환경공단은 한 시로부터 사업우선협상대사자 선정 등의 업무를 위탁받아 운영비를 협상하면서 해당 시의 부담분을 제외하지 않고 높은 금액으로 협상해 공사 완료 뒤 향후 운영비에 27억원이 더 들어가게 했다.
부산광역시도 하수관로정비 BTL사업을 추진했으나 496개소의 고밀도 오수배출시설(아파트 등)과 1,592개소의 가옥 등에 대해 배수설비 공사를 하지 않아 비가 오면 오수가 하천에 방류되거나 하루 약 3만 톤의 빗물이 하수처리장에 유입되는 결과를 초래했다.
영산강유역환경청은 BTL사업이 준공되고 나서 국고보조금의 지원규모와 비율을 확정하지 않거나 확정 비율 등과 다르게 과다 지급하는 등 2013년부터 2015년까지 준공된 하수관로정비 BTL사업에 국고보조금 44억여 원을 과다 교부한 것으로 나타났다.
감사원은 한국환경공단 이사장에게 운영비 협상업무를 부당하게 처리한 담당자들에 대한 문책요구하는 등 총 16건의 감사결과를 시행했다고 밝혔다.