16일 한겨레 보도에 따르면, 법무부가 2014년 세월호 참사 당시 인명구조에 실패한 김경일 전 123정장에게 업무상 과실치사를 적용하는 것은 안된다는 입장을 고수했다. 이는 당시 법무부 장관이던 황교안 권한대행의 방침이라는 말이 돌았다고 한다.
당시에도 '세월호 7시간' 의혹이 제기되는 등 박근혜 대통령과 정부의 정치적 부담이 커지고 있었던 상황에서, 정장을 처벌할 경우 자칫 책임이 국가로 돌아올 수 있다는 판단을 한 것 아니냐고 검찰 관계자들은 전했다.
결국 김 전 정장의 영장에는 과실치사 혐의가 빠졌고, 여론의 관심이 낮아진 2014년 10월 초 업무상 과실 치사 혐의로 기소돼 2015년 11월 대법원에서 유죄 판결을 받았다.
2016년 1월 당시 수사 지휘부와 대검 간부들이 전원 좌천돼 보복인사가 아니냐는 논란도 제기됐다.
이에 대해 황교안 권한대행은 보도자료를 내고 "당시 수사에 외압을 행사한 사실이 전혀 없으며 당시 수사 라인 간부들에 대한 인사 보복 의혹 또한 전혀 사실이 아님을 분명히 밝힌다"고 일축했다.