김 차관은 29일 검찰로부터 자택 압수수색을 당하는 상황에 몰리고 청와대 비서실 개편이 단행되자 결국 사직을 결심한 것으로 보인다.
김 차관은 최순실씨 측근에게 인사청탁 의혹, 최순실 개인 회사 지원 의혹을 받아왔다.
최순실씨 최측근이 공개한 인사청탁 이메일 주소가 김종 차관의 것으로 확인됨에 따라 김 차관이 최씨 측에 이메일로 인사청탁을 한 것 아니냐는 의혹이 일었다. 하지만 김 차관은 "인사를 부탁하는 메일을 (다른 사람에게) 전달한 적은 있지만 최씨 측근은 아니다"고 했다.
김 차관은 K스포츠재단 설립· 운영에 개입했다고 야당이 지목해왔다. 김 차관은 "최순실씨는 승마 관련 사건 때 문제가 있었던 사람이라는 사실만 알고 있으며,(나는)한 번도 만나본 적이 없다"고 말했다. 이에 대해 최순실씨 개인 회사인 더블루K의 초대 대표이사 조모씨는 조선일보와 통화에서 "올해 초 김종 차관과 만났고, 우리에게 스포츠계 현황에 대해 설명해줬다"고 밝혔다. 김 차관은 조씨와 만난 사실은 인정하면서도 "장애인 펜싱 실업팀 창단 업무를 맡았다고 해서 잘하라고 덕담을 했을 뿐 특혜를 주거나 직원에게 어떠한 지시를 한 적이 없다"고 했다.
한양대 스포츠산업학과 교수 출신으로 공직 경험이 전혀 없는 김 차관은 2013년 10월 취임해 장관(유진룡· 김종덕·조윤선)이 두 차례 바뀌는 동안 자리를 지켰다. 그 배경을 놓고 한양대 동문인 이재만 청와대 총무비서관과의 인연이 작용했다는 설이 돌기도 했다.