22일 관련 업계와 세무당국에 따르면 MS는 특허 사용료에 부과된 법인세 6천340억원을 돌려달라며 지난 6월 국세청에 경정청구를 했다.
문제가 된 법인세는 삼성전자가 스마트폰과 PC 등 IT 제품을 만드는 과정에서 MS 특허를 사용한 대가로 1년에 1조원 정도의 특허료를 지불하는데, 이를 MS에 주기 전에 국내 세법과 한국-미국 간 조세조약 등에 따라 최대 15%를 떼어 국세청에 미리 납부한 것이다.
MS는 미국 당국에만 세금을 내면 되는 만큼 한국 당국이 법인세를 따로 거둬가는 것은 '이중과세'라는 입장인 것으로 전해졌다.
MS측은 "대법원 판결에 따라 세금 환급을 요청했고 국세청의 답변을 기다리고 있는 입장"이라고 밝혔다.
법원은 지난 2011년부터 미국 특허관리회사 색슨이노베이션과 삼성전자 등이 “특허사용료에 물린 세금을 돌려달라”며 낸 소송 7건에서 모두 기업 손을 들어줬다.
이 가운데 5건은 대법원 판결까지 나왔다.
국내에 등록되지 않은 특허의 사용 대가에 법인세 원천징수를 할 수 없다는 대법원의 1992년 판례도 MS가 내세우는 근거로 알려졌다.
반면 국세청은 국내 기업이 MS 특허를 사용할 때에는 특허 등록지역과 상관없이 대가를 지불하는 만큼 이에 대한 세금 부과도 정당하다는 입장이다.
2008년 개정된 법인세법은 외국 특허가 국내 제조·판매 등에 쓰였을 때는 국내에서 사용된 것으로 규정하고 있다.